学校创办于1956年，原名“南通市商业学校”，1978年更名为“江苏省南通供销学校”，隶属于江苏省供销合作总社。2003年11月，学校升格为“江苏省南通商贸高等职业学校”，同时增挂“江苏联合职业技术学院南通商贸分院”校牌，2013年1月，江苏省政府同意在江苏省南通商贸高等职业学校(江苏联合职业技术学院南通商贸分院)基础上建立江苏商贸职业学院，2013年5月，国家教育部通过了建立江苏商贸职业学院的审核备案。
学院坐落在被誉为“中国近代第一城”的江苏省南通市，处于上海1小时经济圈内，地处港闸区北翼新城核心地带，交通便捷，区位优势突出。目前，学校占地面积502亩，规划总建筑面积32万平方米，建有物流、商贸、计算机、会计、电子等五大实训中心;开设经济贸易、经济管理、应用外语、信息技术、应用电子等5个专业大类，近二十个五年制高职专业和十余个三年制中职专业;在校学生7000余人。学校拥有一支“人员精干、结构合理、素质优良”的师资队伍，现有教师340余人，外籍教师7名，其中副高以上职称86人，讲师116名，硕士以上学位74人，在读博士、硕士研究生53人，特聘教授8人;毕业生就业率一直保持在98%以上，建校以来先后为社会输送了近6万名合格毕业生。
作为行业举办的省属地方职业院校，近年来学校以“立足地方聚合地缘优势，依托系统彰显商贸特色”为办学方向，积极顺应南通经济转型升级的趋势，主动融入系统(行业)发展行列，学校教育教学呈现了良好的发展态势。学校先后获得全国供销合作社系统先进集体、江苏省职业教育与社会教育先进单位、江苏省德育工作先进单位、江苏省文明校园、江苏省平安校园等荣誉。2011年学校成为全国物流职业教育人才培养基地，2012年被认定为江苏省首批职业教育技能教学研究基地。学校加入了“南通市高校服务地方联盟”，进驻“南通高校技术成果转移中心”，是江苏报关人才培养联盟南通地区唯一成员单位。